O Museu de Zoologia Prof.ª Morgana Cirimbelli Gaidzinski conseguiu se constituir como um espaço de educação e cultura contribuindo por meio de suas ações para que o público escolar encontrasse nele atividades significativas e estimulantes para o aprendizado. As ações do Museu de Zoologia foram reconhecidas pelo Instituto Brasileiro de Museus (IBRAM), e pela Fundação Catarinense de Cultura por meio das seguintes premiações:
Prêmio Darcy Ribeiro de Educação 2008
Projeto "Bicho que Educa"
Departamento de Museus e Centros Culturais do Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (IPHAN)
Prêmio Darcy Ribeiro de Educação 2011
Projeto "Arte Animal"
Instituto Brasileiro de Museus (IBRAM)
Prêmio Darcy Ribeiro de Educação 2012
Projeto "Museus em Movimentos: Rizomas"
Instituto Brasileiro de Museus (IBRAM)
Prêmio Darcy Ribeiro de Educação 2021
Projeto: "Bichos Online"
Instituto Brasileiro de Museus (IBRAM)
Prêmio Elisabete Anderle de Estímulo à Cultura 2013
Fundação Catarinense de Cultura (FCC)
Prêmio Gigantes da Ecologia 2017
Instituto Gigantes da Ecologia
Moção de Aplausos 2022
Casa Legislativa de Criciúma
