O museu de zoologia realiza periodicamente o monitoramento do litoral Sul Catarinense, desde a Barra do Camacho, município de Jaguaruna a Barra do Rio Mampituba, município de Passo de Torres, totalizando um percurso de 120km.

O monitoramento tem como objetivo dimensionar o número e as espécies marinhas encontradas no litoral sul do estado e verificar sinais de interações antrópicas nestes animais.

As carcaças encontradas são recolhidas e levadas ao laboratório de Zoologia onde são preparadas por meio de técnicas de conservação específicas, e incorporadas ao acervo do museu.

A coleta sistemática de dados de espécies marinhas encalhadas fornece informações biológicas úteis para a conservação e manejo destas espécies. As ocorrências mais comuns são de golfinhos, baleias, leões e lobos-marinhos, tartarugas marinhas e pinguins.

Este monitoramento tem oferecido importantes subsídios para o desenvolvimento de pesquisas científicas. Acadêmicos desenvolvem seus trabalhos de conclusão de curso e pesquisadores também se apoiam nos dados coletados para ampliarem e/ou aprofundarem seus trabalhos científicos.