As coleções didáticas servem de apoio nas aulas práticas de algumas disciplinas de cursos de graduação e também como material didático auxiliar para os estágios supervisionados do curso de Licenciatura em Ciências Biológicas. Essas coleções são também disponibilizadas para professores das escolas de ensino fundamental e médio da região sul catarinense, promovendo um permanente intercâmbio da universidade com professores e escolas da rede pública e particular de ensino. Nas ações educativas do Museu, as coleções didáticas ajudam a despertar nos alunos a curiosidade e o interesse pelo mundo natural, por meio da observação e manuseio de objetos do acervo em atividades educativas como cursos, palestras e oficinas.